Katedra Farmakologii i Toksykologii została powołana Uchwałą Senatu UWM nr 316 z dn. 13 czerwca 2008 roku. Siedziba Katedry mieści się w nowoczesnym budynku Centrum Medycyny Eksperymentalnej im. Emila Behringa - I piętro, który znajduje się na terenie Klinicznego Szpitala Uniwersyteckiego, Aleja Warszawska 30.
Twórcą i pierwszym kierownikiem Katedry był prof. Dariusz Pawlak.
Obecnie funkcję kierownika jednostki od dnia 01.01.2021 roku pełni dr hab. n. med. Michał S. Majewski, prof. UWM.
Od dnia 1 października 2008 roku Katedra realizuje zajęcia dydaktyczne dla studentów na kierunku lekarskim w języku polskim, a od 1 października 2010 roku dla studentów na kierunku lekarskim w języku angielskim. Kolejno, Katedra rozpoczęła zajęcia ze studentami kierunku Pielęgniarstwo, Ratownictwo Medyczne, Dietetyka, Położnictwo i Fizjoterapia. Studenci powstałego Collegium Medicum UWM korzystają z nowocześnie wyposażonych pomieszczeń dydaktycznych Katedry.
Od momentu powstania Katedra Farmakologii i Toksykologii rozwija się bardzo prężnie i systematycznie powiększa się o nowe laboratoria i profile badawcze. Katedra prowadzi działalność naukowo-badawczą w ramach uzyskanych przez pracowników Katedry grantów wewnętrznych i zewnętrznych, głównie z Narodowego Centrum Nauki. Badania dotyczą głównie chorób układu sercowo naczyniowego. Prowadzone są również inne prace badawcze nad lekami i ich dostępnością.
Katedra ma klasyczną strukturę, docelowo, w miarę rozwoju kadrowego, planowane jest stworzenie 2 lub 3 Zakładów. Działalność naukowa Katedry skupia się na poszukiwaniu nowych punktów uchwytu działania leków oraz nowych strategii terapeutycznych chorób układu krążenia, chorób naczyniowych, hemostazy, układu oddechowego i płciowego oraz zaburzeń neurodegeneracyjnych.
Wyniki badań publikowane są w renomowanych czasopismach zagranicznych i krajowych.