Katedra Anatomii prowadzi prace naukowe skupiające się przed wszystkim na analizie naczyń ośrodkowego układu nerwowego.

W badaniach jest wykorzystywane autorskie oprogramowanie do analiz morfometrycznych naczyń - ANGIOANALYSER. W programie zastosowano unikatowe algorytmy genetyczne do wykrywania brzegu naczyń oraz krzywe wektorowe Beziera do zapisu i analizy geometrii naczyń.

W Katedrze Anatomii prowadzone są również prace nad implementacją komputerowego programu symulacji przepływu krwi w tętnicach wewnątrzczaszkowych oraz modeli autoregulacji w kole tętniczym mózgu w różnych typach ontogenetycznych unaczynienia mózgu.

Za najważniejszy kierunek rozwoju badań naukowych uznaliśmy prace nad Interaktywnym Systemem Wizualizacji Trójwymiarowych (IVR3D), który umożliwia transformację badań diagnostycznych TK i RM. 

W 2012 roku w Katedrze Anatomii powstał Zintegrowany System Modelowania FUSION, którego platforma programowa umożliwia przeprowadzanie wizualizacji struktur morfologicznych ciała człowieka metodą fuzji danych TK i RM.

Fotorealistyczna stereoskopowa wizualizacja trójwymiarowa w systemie FUSION zapewnia precyzyjne odzwierciedlanie złożonych danych morfologicznych jakie występują przy analizie materiału klinicznego (np. przestrzenna lokalizacja guza lub tętniaka).

Dzięki projekcjom trójwymiarowym system FUSION stał się źródłem modeli przestrzennych wykorzystywanym w dydaktyce, ale przede wszystkim doskonałym narzędziem pomiarowym do badań diagnostycznych. Integracja obrazowania danych 3D na różnych poziomach prezentacji (makro, mezo i mikro) daje również możliwość wykorzystywania badań w szkoleniu studentów medycyny i szkoleniu podyplomowym lekarzy.

Zintegrowany System Modelowania FUSION został wyróżniony Srebrnym Medalem na 61 Międzynarodowych Targach Wynalazczości - Badania Naukowe i Nowe Techniki „BRUSSELS INNOVA 2012”