Katedra Farmakologii i Toksykologii została powołana 26.02.2010 roku na Wydziale Nauk Medycznych Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie zarządzeniem Rektora UWM na podstawie Uchwały Senatu UWM nr 361 z dnia 26.02.2010 roku. Podwaliny i tworzenie Katedry Farmakologii i Toksykologii rozpoczął profesor dr hab. n. med. Dariusz Pawlak, który od 15 marca 2008 roku został zatrudniony w Katedrze Podstawowych Nauk Medycznych UWM. Jemu też  została powierzona przez J.M. Rektora funkcja pierwszego Kierownika Katedry Farmakologii i Toksykologii, którą sprawował od 15 marca 2010 r. do 30 września 2012r. W pierwszych latach istnienia Katedra Farmakologii i Toksykologii mieściła się w budynku przy ul. Żołnierskiej 14 c, gdzie odbywały się zajęcia dydaktyczne oraz pierwsze wstępne prace badawcze. W lipcu 2016 roku Katedra, po oddaniu do użytku nowego budynku Centrum Medycyny Eksperymentalnej im. Emila Behringa przy Al. Warszawskiej 30 (na terenie Uniwersyteckiego Szpitala Klinicznego), przeniosła się do nowych pomieszczeń dydaktycznych i laboratoryjnych. Od 1 stycznia 2021 r. kierownikiem Katedry jest dr hab. n. med. Michał Majewski, prof. UWM